Der Bahnhof wurde mit Eröffnung der Lahntalbahn am 10. Januar 1863 ebenfalls in Betrieb genommen. Der Bahnhof hieß damals Braunfels (Lahn). Die Eisenbahnstation hatte einen Güterbahnhof zum Abtransport von Eisenerz aus den Gruben in Issertal. Über die 1876 gebaute Grubenbahn wurde das Eisenerz zum Bahnhof Braunfels transportiert und über eine Rampe auf die Züge der Lahntalbahn umgeschlagen. Der Bahnhof verfügte über eine Ortsgüteranlage mit einem Güterschuppen. Das nach einem Entwurf von Heinrich Velde entworfene klassizistische verputzte Empfangsgebäude wurde aufgrund der nahe gelegenen Fürstenresidenz repräsentativ gestaltet. Der Güterschuppen entstand um 1900 aus Backsteinfachwerk. Die Stellwerke wurden im Jahr 1913 in Betrieb genommen.Das Gebäude wurde 2012 in einer Versteigerung verkauft. Die Gleisanlagen sind mittlerweile zurückgebaut worden. Die Bahnhofsbauten stehen unter Denkmalschutz.